Queer speelt zich af in Mexico, begin jaren ’50 en toont de vurige affaire tussen William Lee (een onverwachte Daniel Craig) en Eugene Allerton (Drew Starkey), een Amerikaanse student. In het eerste deel van de film, met verschillende frontale en zwoele seksuele scènes, volgen de twee mannen de bewegingen van verlangen van een man die verschillende drugs gebruikt en volledig geobsedeerd is door een student die aanvankelijk de onverschilligheidskaart trekt. In het tweede deel van de film gaan de 2 mannen samen op zoek naar de werking van een mysterieus brouwsel genaamd ayahuasca.
Naast de esthetische kwaliteiten en stilistische extravagantie is Queer, een bewerking van de gelijknamige roman van William S. Burroughs, een melancholisch portret van een eenzame man die zijn verdriet probeert te verdrinken en zijn demonen probeert te ontvluchten in kunstmatige paradijzen en onmogelijke liefdes.